胃镜检查有一定的痛苦，患者会出现恶心、不适、咽喉哽咽感、腹痛、腹胀等，还有一些患者对检查有恐惧感，不愿接受胃镜检查。为了减轻痛苦，近年来，国内外采用了一种新的技术—清醒镇静技术用于胃镜检查。该技术通过静脉注射药物，轻度抑制中枢神经系统，以减轻患者的焦虑及恐惧心理，提高痛阈，但患者仍保持神志清醒及完整的呑咽、咳嗽等保护性反射，无任何痛苦，并可保持医师与患者的交流，使患者能配合医师完成整个检查。
    无痛胃镜中的清醒镇静技术所采用的镇静药物为咪唑安定。咪唑安定可按每公斤体重0.05mg的剂量给药，术前给予咪唑安定静脉注射，可以取得起效快、恢复快的清醒镇静目的，部分患者尚有顺行性遗忘作用。一般用药后3－5分钟进行检查操作效果最佳。术中注意监护，术后休息约半小时至患者完全清醒后方能在家人陪同下离院。另一种新型的麻醉药－异丙酚，也具有起效快、持续时间短的优点，可应用在无痛胃镜上。静注丙泊酚1－2mg／kg后0.5-1分钟，患者入睡即可开始检查，必要时可分次静脉追加0.3-0.5mg／kg。但该药为麻醉药，对呼吸循环系统抑制明显，因此需要由麻醉科医生负责使用，且价格较贵，现阶段难以推广。
    无痛胃镜虽然没有严重的副作用，但部分病人会出现短时间乏力、头昏或嗜睡的情况，休息片刻均可恢复。因此，进行无痛胃镜检查者，需要有一名家人陪伴，做检查的当天不要驾驶机动车以策安全。